| Back to Build/check report for BioC 3.23: simplified long |
|
This page was generated on 2026-03-28 17:56 -0400 (Sat, 28 Mar 2026).
| Hostname | OS | Arch (*) | R version | Installed pkgs |
|---|---|---|---|---|
| nebbiolo1 | Linux (Ubuntu 24.04.3 LTS) | x86_64 | R Under development (unstable) (2026-03-05 r89546) -- "Unsuffered Consequences" | 4881 |
| Click on any hostname to see more info about the system (e.g. compilers) (*) as reported by 'uname -p', except on Windows and Mac OS X | ||||
| Package 1934/2372 | Hostname | OS / Arch | INSTALL | BUILD | CHECK | BUILD BIN | ||||||||
| scGraphVerse 1.1.0 (landing page) Francesco Cecere
| nebbiolo1 | Linux (Ubuntu 24.04.3 LTS) / x86_64 | OK | ERROR | skipped | |||||||||
| See other builds for scGraphVerse in R Universe. | ||||||||||||||
|
To the developers/maintainers of the scGraphVerse package: - Allow up to 24 hours (and sometimes 48 hours) for your latest push to git@git.bioconductor.org:packages/scGraphVerse.git to reflect on this report. See Troubleshooting Build Report for more information. - Use the following Renviron settings to reproduce errors and warnings. - If 'R CMD check' started to fail recently on the Linux builder(s) over a missing dependency, add the missing dependency to 'Suggests:' in your DESCRIPTION file. See Renviron.bioc for more information. |
| Package: scGraphVerse |
| Version: 1.1.0 |
| Command: /home/biocbuild/bbs-3.23-bioc/R/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data scGraphVerse |
| StartedAt: 2026-03-27 19:55:13 -0400 (Fri, 27 Mar 2026) |
| EndedAt: 2026-03-27 20:02:04 -0400 (Fri, 27 Mar 2026) |
| EllapsedTime: 411.3 seconds |
| RetCode: 1 |
| Status: ERROR |
| PackageFile: None |
| PackageFileSize: NA |
##############################################################################
##############################################################################
###
### Running command:
###
### /home/biocbuild/bbs-3.23-bioc/R/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data scGraphVerse
###
##############################################################################
##############################################################################
* checking for file ‘scGraphVerse/DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘scGraphVerse’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* cleaning src
* installing the package (it is needed to build vignettes)
* creating vignettes ... ERROR
--- re-building ‘case_study.Rmd’ using rmarkdown
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:01 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:02 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:03 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:04 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:05 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:06 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:07 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:08 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:09 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:10 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:11 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:12 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:13 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:14 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:15 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:16 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:17 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:18 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:19 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:20 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:21 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:22 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:23 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:24 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:25 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:26 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:27 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:28 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:29 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:30 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:31 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:32 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:33 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:34 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:35 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:36 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:37 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:38 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:39 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:40 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:41 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:42 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:43 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:44 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:45 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:46 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:47 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:48 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:49 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:50 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:51 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:52 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:53 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:54 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:55 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:56 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:57 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:58 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:59 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:00 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:01 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:02 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:03 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:04 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:05 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:06 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:07 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:08 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:09 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:10 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:11 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:12 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:13 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:14 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:15 --:--:-- 0
curl: (35) OpenSSL SSL_connect: SSL_ERROR_SYSCALL in connection to stringdb-downloads.org:443
Quitting from case_study.Rmd:234-265 [stringdb]
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
<error/rlang_error>
Error in `download.file()`:
! 'curl' call had nonzero exit status
---
Backtrace:
▆
1. └─scGraphVerse::stringdb_adjacency(...)
2. └─string_db$map(...)
3. └─STRINGdb (local) get_aliases(takeFirst)
4. └─STRINGdb::downloadAbsentFile(...)
5. └─utils::download.file(urlStr, temp)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Error: processing vignette 'case_study.Rmd' failed with diagnostics:
'curl' call had nonzero exit status
--- failed re-building ‘case_study.Rmd’
--- re-building ‘simulation_study.Rmd’ using rmarkdown
--- finished re-building ‘simulation_study.Rmd’
SUMMARY: processing the following file failed:
‘case_study.Rmd’
Error: Vignette re-building failed.
Execution halted