### R code from vignette source 'raschtree.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: preliminaries ################################################### options(prompt = "R> ", continue = "+ ") ################################################### ### code chunk number 2: prep_install (eval = FALSE) ################################################### ## install.packages("psychotree") ################################################### ### code chunk number 3: prep_library ################################################### library("psychotree") ################################################### ### code chunk number 4: prep_data ################################################### data("SPISA", package = "psychotree") ################################################### ### code chunk number 5: recode (eval = FALSE) ################################################### ## mydata$resp <- as.matrix(mydata[ , 1:5]) ################################################### ### code chunk number 6: recode2 (eval = FALSE) ################################################### ## mydata <- mydata[ , -(1:5)] ################################################### ### code chunk number 7: fit_raschtree (eval = FALSE) ################################################### ## my_first_raschtree <- raschtree(spisa ~ age + gender + ## semester + elite + spon, data = SPISA) ################################################### ### code chunk number 8: fit_raschtree_minsize (eval = FALSE) ################################################### ## my_first_raschtree <- raschtree(spisa ~ age + gender + ## semester + elite + spon, data = SPISA, minsize = 30) ################################################### ### code chunk number 9: fit_raschtree_cache ################################################### if(file.exists("raschtree-spisa.rda")) load("raschtree-spisa.rda") else { my_first_raschtree <- raschtree(spisa ~ age + gender + semester + elite + spon, data = SPISA, minsize = 30) save(my_first_raschtree, file = "raschtree-spisa.rda") } file.remove("raschtree-spisa.rda") ################################################### ### code chunk number 10: plot_raschtree ################################################### plot(my_first_raschtree) ################################################### ### code chunk number 11: plot_raschtree_col ################################################### plot(my_first_raschtree, col = rep(palette.colors(5), each = 9)) ################################################### ### code chunk number 12: coef_raschtree ################################################### coef(my_first_raschtree, node = 4) ################################################### ### code chunk number 13: itempar_raschtree ################################################### itempar(my_first_raschtree, node = 4) ################################################### ### code chunk number 14: raschtree.Rnw:316-317 (eval = FALSE) ################################################### ## install.packages("stablelearner") ################################################### ### code chunk number 15: raschtree.Rnw:322-323 (eval = FALSE) ################################################### ## library("stablelearner") ################################################### ### code chunk number 16: raschtree.Rnw:332-334 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(4321) ## my_first_raschtree_st <- stabletree(my_first_raschtree, B = 50) ################################################### ### code chunk number 17: stabletree_fit ################################################### if(require("stablelearner", quietly = TRUE)) { if(!file.exists("my_first_raschtree_st.Rdata")){ set.seed(4321) my_first_raschtree_st <- stabletree(my_first_raschtree, B = 50) save(my_first_raschtree_st, file = "my_first_raschtree_st.Rdata") } else{ load("my_first_raschtree_st.Rdata") } spon1 <- summary(my_first_raschtree_st)$vstab["spon", 1] spon3 <- summary(my_first_raschtree_st)$vstab["spon", 3] } else { my_first_raschtree_st <- matrix(1) spon1 <- spon3 <- 0 } ################################################### ### code chunk number 18: stabletree_summary ################################################### summary(my_first_raschtree_st) ################################################### ### code chunk number 19: stabletree_barplot ################################################### barplot(my_first_raschtree_st) ################################################### ### code chunk number 20: stabletree_image ################################################### image(my_first_raschtree_st) ################################################### ### code chunk number 21: stabletree_plot ################################################### plot(my_first_raschtree_st)