### R code from vignette source 'mvngGrAd.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setWidth ################################################### op <- options(); utils::str(op) options(width = 60) options(prompt = "R> ") ################################################### ### code chunk number 2: loadPackage ################################################### library(mvngGrAd) ################################################### ### code chunk number 3: sketchGrid1 (eval = FALSE) ################################################### ## ## sketchGrid(i = 10, ## j = 10, ## rowLimit = 20, ## colLimit = 20, ## shapeCross = ## list(1, ## down ## 1, ## up ## 1:4, ## left ## 1:4),## right ## layers = NULL, ## excludeCenter = TRUE) ################################################### ### code chunk number 4: sketchGrid2 (eval = FALSE) ################################################### ## ## sketchGrid(i = 10, ## j = 10, ## rowLimit = 20, ## colLimit = 20, ## shapeCross = ## list(2, ## 2, ## up ## 2:5, ## left ## 2:5),## right ## layers = NULL, ## excludeCenter = TRUE) ################################################### ### code chunk number 5: sketchGrid3 (eval = FALSE) ################################################### ## sketchGrid(i = 10, ## j = 10, ## rowLimit = 20, ## colLimit = 20, ## shapeCross = ## list(NULL, ## down ## NULL, ## up ## NULL, ## left ## NULL),## right ## layers = 1, ## excludeCenter = TRUE) ################################################### ### code chunk number 6: sketchGrid4 (eval = FALSE) ################################################### ## sketchGrid(i = 10, ## j = 10, ## rowLimit = 20, ## colLimit = 20, ## shapeCross = ## list(NULL, ## down ## NULL, ## up ## NULL, ## left ## NULL),## right ## layers = 1:2, ## excludeCenter = TRUE) ################################################### ### code chunk number 7: sketchGrid5 (eval = FALSE) ################################################### ## sketchGrid(i = 10, ## j = 10, ## rowLimit = 20, ## colLimit = 20, ## shapeCross = ## list(1:4, ## 1:4, ## 1:4, ## 1:4), ## layers = c(1:4), ## excludeCenter = TRUE) ################################################### ### code chunk number 8: sketchGrid5 (eval = FALSE) ################################################### ## sketchGrid(i = 10, ## j = 10, ## rowLimit = 20, ## colLimit = 20, ## shapeCross = ## list(1:4, ## 1:4, ## 1:4, ## 1:4), ## layers = c(1:4), ## excludeCenter = FALSE) ################################################### ### code chunk number 9: sketchGrid7 (eval = FALSE) ################################################### ## sketchGrid(i = 10, ## j = 10, ## rowLimit = 20, ## colLimit = 20, ## shapeCross = ## list(2:4, ## 2:4, ## 2:4, ## 2:4), ## layers = c(2:4), ## excludeCenter = TRUE) ################################################### ### code chunk number 10: sketchGrid8 (eval = FALSE) ################################################### ## ## sketchGrid(i = 2, ## j = 2, ## rowLimit = 20, ## colLimit = 20, ## shapeCross = ## list(2:4, ## 2:4, ## 2:4, ## 2:4), ## layers = c(2:4), ## excludeCenter = TRUE) ## ################################################### ### code chunk number 11: rowAndCol ################################################### ## row vector rows <- rep(1 : 50, each = 50) ## column vector cols <- rep(1 : 50, 50) ################################################### ### code chunk number 12: envError ################################################### set.seed(13) envError <- rep(c(seq(from = -12.5 , to = -0.5, by = 0.5), seq(from = 0.5 , to = 12.5, by = 0.5)), each = 50) + rnorm(2500) ################################################### ### code chunk number 13: scaleEnvError ################################################### scaleFactE <- (sd(envError) / sqrt(45)) envError <- scale(envError, center = FALSE, scale = scaleFactE) envError <- as.vector(envError) ################################################### ### code chunk number 14: gEffects ################################################### gEffects <- rnorm(2500, mean = 0, sd = 5) scaleFactG <- (sd(gEffects)/sqrt(25)) gEffects <- scale(gEffects, center = FALSE, scale = scaleFactG) gEffects <- as.vector(gEffects) ################################################### ### code chunk number 15: gValues ################################################### ## population mean mu <- 30 gValues <- mu + gEffects ################################################### ### code chunk number 16: obsPisGplusE ################################################### obsP <- gValues + envError ################################################### ### code chunk number 17: setNA ################################################### obsP[3] <- NA ################################################### ### code chunk number 18: varPandVarG ################################################### ## phenotypic variance varP <- var(obsP,na.rm = TRUE) ## genotypic variance varG <- var(gEffects) ################################################### ### code chunk number 19: movingGrid1 ################################################### ## creates object of class movG resMG <- movingGrid(rows = rows, columns = cols, obsPhe = obsP, shapeCross = list(1:2, 1:2, 1:2, 1:2), layers = 1) ################################################### ### code chunk number 20: summary ################################################### summary(resMG) ################################################### ### code chunk number 21: entryData ################################################### ## only first 10 head(entryData(resMG)) ################################################### ### code chunk number 22: fitted ################################################### ## only first 10 fitted(resMG)[1:10] ################################################### ### code chunk number 23: movingMean ################################################### ## only first 10 movingMean(resMG)[1:10] ################################################### ### code chunk number 24: residuals ################################################### residuals(resMG)[1:10] ################################################### ### code chunk number 25: hsquareObs ################################################### varG/varP ################################################### ### code chunk number 26: hsquareAdj ################################################### ## variance of the adj. phenot. values varPadj <- var(fitted(resMG),na.rm = TRUE) varG/varPadj ################################################### ### code chunk number 27: aToD ################################################### layout(rbind(c(1,2), c(3,4))) sketchGrid(i = 10, j = 10, rowLimit = 20, colLimit = 20, shapeCross = list(1, ## down 1, ## up 1:4, ## left 1:4),## right layers = NULL, excludeCenter = TRUE) title(main = "[a]") sketchGrid(i = 10, j = 10, rowLimit = 20, colLimit = 20, shapeCross = list(2, ## down 2, ## up 2:5, ## left 2:5),## right layers = NULL, excludeCenter = TRUE) title(main = "[b]") sketchGrid(i = 10, j = 10, rowLimit = 20, colLimit = 20, shapeCross = list(NULL, ## down NULL, ## up NULL, ## left NULL),## right layers = 1, excludeCenter = TRUE) title(main = "[c]") sketchGrid(i = 10, j = 10, rowLimit = 20, colLimit = 20, shapeCross = list(NULL, ## down NULL, ## up NULL, ## left NULL),## right layers = 1:2, excludeCenter = TRUE) title(main = "[d]") ################################################### ### code chunk number 28: eToH ################################################### layout(rbind(c(1,2), c(3,4))) sketchGrid(i = 10, j = 10, rowLimit = 20, colLimit = 20, shapeCross = list(1:4, 1:4, 1:4, 1:4), layers = c(1:4), excludeCenter = TRUE) title(main = "[e]") sketchGrid(i = 10, j = 10, rowLimit = 20, colLimit = 20, shapeCross = list(1:4, 1:4, 1:4, 1:4), layers = c(1:4), excludeCenter = FALSE) title(main = "[f]") sketchGrid(i = 10, j = 10, rowLimit = 20, colLimit = 20, shapeCross = list(2:4, 2:4, 2:4, 2:4), layers = c(2:4), excludeCenter = TRUE) title(main = "[g]") sketchGrid(i = 2, j = 2, rowLimit = 20, colLimit = 20, shapeCross = list(2:4, 2:4, 2:4, 2:4), layers = c(2:4), excludeCenter = TRUE) title(main = "[h]")