### R code from vignette source 'Vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: Vignette.Rnw:18-19
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library(mpmi)


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### code chunk number 2: Vignette.Rnw:34-40
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# library(MASS)
# mu <- 1:100
# S <- toeplitz((100:1)/100)
# set.seed(123456789)
# dat <- mvrnorm(50, mu, S)
# cts <- scale(dat)


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### code chunk number 3: Vignette.Rnw:44-46
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data(mpmidata)
ctsresult <- cmi(cts)


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### code chunk number 4: Vignette.Rnw:51-52
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str(ctsresult)


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### code chunk number 5: Vignette.Rnw:55-56
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round(ctsresult$mi[1:5,1:5], 2)


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### code chunk number 6: Vignette.Rnw:59-60
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round(ctsresult$bcmi[1:5,1:5], 2)


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### code chunk number 7: Vignette.Rnw:66-67
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cmi.pw(cts[,1], cts[,1])


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### code chunk number 8: Vignette.Rnw:81-82
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mp(ctsresult$bcmi)


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### code chunk number 9: Vignette.Rnw:91-95
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# set.seed(987654321)
# disc <- rep(c("A", "H", "B"), ceiling(50 * 75 / 3))
# disc <- matrix(disc, nrow = 50, ncol = 75)
# disc <- apply(disc, 2, sample)


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### code chunk number 10: Vignette.Rnw:100-115
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cts2 <- cts
for (variable in 1:75)
{
    for (subject in 1:50)
    {
        if (disc[subject, variable] == "A") 
        {
            cts2[subject, variable] <- cts[subject, variable] - 2
        }
        if (disc[subject, variable] == "B") 
        {
            cts2[subject, variable] <- cts[subject, variable] - 2
        }
    }
}


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### code chunk number 11: Vignette.Rnw:118-119
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mixedresult <- mmi(cts2, disc)


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### code chunk number 12: Vignette.Rnw:127-128
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str(mixedresult, width = 60, strict.width = "cut")


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### code chunk number 13: Vignette.Rnw:131-132
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round(mixedresult$mi[1:5,1:5], 2)


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### code chunk number 14: Vignette.Rnw:135-136
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round(mixedresult$bcmi[1:5,1:5], 2)


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### code chunk number 15: Vignette.Rnw:140-141
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mmi.pw(cts2[,1], disc[,1])


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### code chunk number 16: Vignette.Rnw:147-148
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mp(mixedresult$bcmi)


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### code chunk number 17: Vignette.Rnw:179-181
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# library(parallel) # Commented for portability
library(compiler)


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### code chunk number 18: Vignette.Rnw:188-189
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hs <- apply(cts2, 2, dpik, level = 3L, kernel = "epanech")


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### code chunk number 19: Vignette.Rnw:196-206
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fi <- function(i)
{
    bcmis <- rep(NaN, 100)
    for (j in 1:100)
    {
        bcmis[j] <- mmi.pw(cts2[,j], disc[,i], h = hs[j])$bcmi
    }
    return(bcmis)
}
fi <- cmpfun(fi)


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### code chunk number 20: Vignette.Rnw:216-217
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# parmmi <- mcmapply(fi, 1:75)


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### code chunk number 21: Vignette.Rnw:221-222
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# sum(abs(mixedresult$bcmi - parmmi))


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### code chunk number 22: Vignette.Rnw:228-229
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hs2 <- apply(cts, 2, dpik, level = 3L, kernel = "epanech")


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### code chunk number 23: Vignette.Rnw:235-245
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fi <- function(i)
{
    bcmis <- rep(NaN, 100)
    for (j in i:100)
    {
        bcmis[j] <- cmi.pw(cts[,i], cts[,j], h = hs2[c(i,j)])$bcmi
    }
    return(bcmis)
}
fi <- cmpfun(fi)


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### code chunk number 24: Vignette.Rnw:252-253
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# parcmi <- mcmapply(fi, 1:100)


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### code chunk number 25: Vignette.Rnw:265-267
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lt <- function(x) x[lower.tri(x, diag = TRUE)]
# sum(abs(lt(ctsresult$bcmi) - lt(parcmi)))