### R code from vignette source 'DHMM1.Rnw'
### Encoding: NA

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### code chunk number 1: DHMM1.Rnw:29-31
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options("width"=80)
library(mhsmm)


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### code chunk number 2: DHMM1.Rnw:49-50
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y1 <- c(1,1,1,1,2,1,1,NA,1,1,2,1,1,1,2,1,1,1,1,1,2,2,2,2,1,2,2,2,1,2,2,2,1,1,1,1,1,1,1,1,2,2,2,1,1) 


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### code chunk number 3: DHMM1.Rnw:55-56
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obj <- smooth.discrete(y1)


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### code chunk number 4: smooth1
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plot(y1, ylim=c(0.8,2))
addStates(obj$s)


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### code chunk number 5: DHMM1.Rnw:80-82
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y2 <- c(1,1,1,1,2,2,2,1,1,2,1,1,1,2,1,1,1,1,1,2,2,2,NA,1,1,1,2,2,1,2,2,2)
predict(obj,x=y2)


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### code chunk number 6: DHMM1.Rnw:92-93
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summary(obj)


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### code chunk number 7: DHMM1.Rnw:104-105
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args(smooth.discrete)


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### code chunk number 8: DHMM1.Rnw:115-116
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table(y1)/sum(table(y1))


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### code chunk number 9: DHMM1.Rnw:122-125
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ttt<-table(y1[-length(y1)],y1[-1])
ttt
sweep(ttt, 1, rowSums(ttt), "/")


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### code chunk number 10: DHMM1.Rnw:136-137
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createTransition(c(0.8,0.9),2)