### R code from vignette source 'LinearDiscreteTimeModels.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: LinearDiscreteTimeModels.Rnw:51-52 (eval = FALSE) ################################################### ## file.edit(system.file("demo", "RSLinearDiscreteYang.R", package = "dynr")) ################################################### ### code chunk number 2: LinearDiscreteTimeModels.Rnw:77-83 (eval = FALSE) ################################################### ## #---- Load packages ---- ## require("dynr") ## #---- Read in data and create dynr data object---- ## data("EMG") ## EMGdata <- dynr.data(EMG, id = 'id', time = 'time', ## observed = 'iEMG', covariates = 'SelfReport') ################################################### ### code chunk number 3: LinearDiscreteTimeModels.Rnw:117-122 (eval = FALSE) ################################################### ## #---- Dynamic functions ---- ## recDyn <- prep.matrixDynamics( ## values.dyn = list(matrix(.1, 1, 1), matrix(.5, 1, 1)), ## params.dyn = list(matrix('phi_1', 1, 1), matrix('phi_2', 1, 1)), ## isContinuousTime = FALSE) ################################################### ### code chunk number 4: LinearDiscreteTimeModels.Rnw:135-145 (eval = FALSE) ################################################### ## #---- Measurement ---- ## recMeas <- prep.measurement( ## values.load = rep(list(matrix(1, 1, 1)), 2), ## values.int = list(matrix(4, 1, 1), matrix(3, 1, 1)), ## params.int = list(matrix('mu_1', 1, 1), matrix('mu_2', 1, 1)), ## values.exo = list(matrix(0, 1, 1), matrix(1, 1, 1)), ## params.exo = list(matrix('fixed', 1, 1), matrix('beta_2', 1, 1)), ## obs.names = c('iEMG'), ## state.names = c('eta'), ## exo.names = c("SelfReport")) ################################################### ### code chunk number 5: LinearDiscreteTimeModels.Rnw:153-159 (eval = FALSE) ################################################### ## #---- Dynamic and measurement noise cov structures---- ## recNoise <- prep.noise( ## values.latent = matrix(1, 1, 1), ## params.latent = matrix('dynNoise', 1, 1), ## values.observed = matrix(0, 1, 1), ## params.observed = matrix('fixed', 1, 1)) ################################################### ### code chunk number 6: LinearDiscreteTimeModels.Rnw:176-184 (eval = FALSE) ################################################### ## #---- Initial condition specification ---- ## recIni <- prep.initial( ## values.inistate = matrix(0, 1, 1), ## params.inistate = matrix('fixed', 1, 1), ## values.inicov = matrix(1, 1, 1), ## params.inicov = matrix('fixed', 1, 1), ## values.regimep = c(1, 0), ## params.regimep = c('fixed', 'fixed')) ################################################### ### code chunk number 7: LinearDiscreteTimeModels.Rnw:209-213 (eval = FALSE) ################################################### ## # ---- Regimes-switching model ---- ## recReg <- prep.regimes( ## values = matrix(c(.7, -1, 0, 0), 2, 2), ## params = matrix(c('c11', 'c21', 'fixed', 'fixed'), 2, 2)) ################################################### ### code chunk number 8: LinearDiscreteTimeModels.Rnw:262-266 (eval = FALSE) ################################################### ## recReg2 <- prep.regimes( ## values = matrix(c(.8, -1, 0, 0), 2, 2), ## params = matrix(c('c_Delta11', 'c1', 'fixed', 'fixed'), 2, 2), ## deviation = TRUE, refRow = 2) ################################################### ### code chunk number 9: LinearDiscreteTimeModels.Rnw:274-287 (eval = FALSE) ################################################### ## #---- Create model ---- ## ## rsmod <- dynr.model( ## dynamics = recDyn, ## measurement = recMeas, ## noise = recNoise, ## initial = recIni, ## regimes = recReg, ## data = EMGdata) ## ## #---- Create model and cook it all up ---- ## ## yum <- dynr.cook(rsmod) ################################################### ### code chunk number 10: LinearDiscreteTimeModels.Rnw:293-295 (eval = FALSE) ################################################### ## #---- Serve it! ---- ## summary(yum) ################################################### ### code chunk number 11: LinearDiscreteTimeModels.Rnw:306-307 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(yum, dynrModel = rsmod, style = 1, textsize = 5) ################################################### ### code chunk number 12: LinearDiscreteTimeModels.Rnw:310-325 (eval = FALSE) ################################################### ## #pdf('./Figures/plotRSGG.pdf', height=7, width=12) ## dynr.ggplot(yum, dynrModel = rsmod, style = 1, ## names.regime = c("Deactivated", "Activated"), ## title = "(B) Results from RS-AR model", numSubjDemo = 1, ## shape.values = c(1), ## text = element_text(size = 24), ## is.bw = TRUE) ## #dev.off() ## ## autoplot(yum, dynrModel = rsmod, style = 1, ## names.regime = c("Deactivated", "Activated"), ## title = "(B) Results from RS-AR model", numSubjDemo = 1, ## shape.values = c(1), ## text = element_text(size = 16), ## is.bw = TRUE) ################################################### ### code chunk number 13: LinearDiscreteTimeModels.Rnw:330-339 (eval = FALSE) ################################################### ## plotFormula(dynrModel = rsmod, ParameterAs = names(rsmod), ## printDyn = TRUE, printMeas = TRUE) + ## ggtitle("(A)") + ## theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5, vjust = 0.01, size = 16)) ## ## plotFormula(dynrModel = rsmod, ParameterAs = coef(yum), ## printDyn = TRUE, printMeas = TRUE) + ## ggtitle("(B)") + ## theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5, vjust = 0.01, size = 16)) ################################################### ### code chunk number 14: LinearDiscreteTimeModels.Rnw:353-357 (eval = FALSE) ################################################### ## printex(rsmod, ## ParameterAs = names(rsmod), ## printInit = TRUE, printRS = TRUE, ## outFile = "RSLinearDiscreteYang.tex") ################################################### ### code chunk number 15: LinearDiscreteTimeModels.Rnw:360-362 (eval = FALSE) ################################################### ## tools::texi2pdf("RSLinearDiscreteYang.tex") ## system(paste(getOption("pdfviewer"), "RSLinearDiscreteYang.pdf"))