### R code from vignette source 'STRINGdb.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: initialization ################################################### library(STRINGdb) string_db <- STRINGdb$new( version="12.0", species=9606, score_threshold=400, network_type="full", link_data="detailed", input_directory="") ################################################### ### code chunk number 2: help ################################################### STRINGdb$methods() # To list all the methods available. STRINGdb$help("get_graph") # To visualize their documentation. ################################################### ### code chunk number 3: load_data ################################################### data(diff_exp_example1) head(diff_exp_example1) ################################################### ### code chunk number 4: map ################################################### example1_mapped <- string_db$map( diff_exp_example1, "gene", removeUnmappedRows = TRUE ) ################################################### ### code chunk number 5: STRINGdb.Rnw:112-114 ################################################### options(SweaveHooks=list(fig=function() par(mar=c(2.1, 0.1, 4.1, 2.1)))) ################################################### ### code chunk number 6: get_hits ################################################### example1_mapped_pval05 <- subset(example1_mapped, pvalue < 0.05) example1_mapped_pval05 <- example1_mapped_pval05[order(example1_mapped_pval05$pvalue), ] hits <- example1_mapped_pval05$STRING_id[1:200] ################################################### ### code chunk number 7: plot_network ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() string_db$plot_network( hits ) ################################################### ### code chunk number 8: add_diff_exp_color ################################################### # filter by p-value and add a color column # (i.e. green down-regulated gened and red for up-regulated genes) example1_mapped_pval05 <- string_db$add_diff_exp_color( subset(example1_mapped, pvalue<0.05), logFcColStr="logFC" ) ################################################### ### code chunk number 9: post_payload ################################################### # post payload information to the STRING server payload_id <- string_db$post_payload( example1_mapped_pval05$STRING_id, colors=example1_mapped_pval05$color ) ################################################### ### code chunk number 10: plot_halo_network ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() # display a STRING network png with the "halo" string_db$plot_network( hits, payload_id=payload_id ) ################################################### ### code chunk number 11: enrichment ################################################### enrichment <- string_db$get_enrichment( hits ) head(enrichment, n=20) ################################################### ### code chunk number 12: enrichment_figure ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() enrichment_img <- string_db$get_enrichment_figure( hits, category = "Component", group_by_similarity = 0.8, color_palette = "yellow_pink", x_axis = "signal" ) grid::grid.newpage() grid::grid.raster(enrichment_img, interpolate = FALSE) ################################################### ### code chunk number 13: background ################################################### backgroundV <- example1_mapped$STRING_id string_db$set_background(backgroundV) ################################################### ### code chunk number 14: new_background_inst (eval = FALSE) ################################################### ## string_db <- STRINGdb$new( score_threshold=400, backgroundV = backgroundV ) ################################################### ### code chunk number 15: enrichment_with_background ################################################### enrichment_background_corrected <- string_db$get_enrichment( hits ) head(enrichment_background_corrected, n=20) ################################################### ### code chunk number 16: annotations ################################################### annotations <- string_db$get_annotations( hits ) head(annotations, n=20) ################################################### ### code chunk number 17: clustering1 ################################################### # get clusters clustersList <- string_db$get_clusters(example1_mapped_pval05$STRING_id[1:600]) ################################################### ### code chunk number 18: clustering2 ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() par(mar = c(0, 0, 0.5, 0)) string_db$plot_network(clustersList[[1]], add_summary = FALSE) par(mar = c(0, 0, 0.5, 0)) string_db$plot_network(clustersList[[2]], add_summary = FALSE) par(mar = c(0, 0, 0.5, 0)) string_db$plot_network(clustersList[[3]], add_summary = FALSE) par(mar = c(0, 0, 0.5, 0)) string_db$plot_network(clustersList[[4]], add_summary = FALSE) ################################################### ### code chunk number 19: proteins ################################################### string_proteins <- string_db$get_proteins() head(string_proteins) ################################################### ### code chunk number 20: atmtp ################################################### tp53 = string_db$mp( "tp53" ) atm = string_db$mp( "atm" ) ################################################### ### code chunk number 21: interactions ################################################### string_db$get_interactions( c(tp53, atm) ) ################################################### ### code chunk number 22: interaction_partners ################################################### string_db$get_interaction_partners( c(tp53, atm), limit=5 )[, c("from", "to", "combined_score", "experimental", "from_name", "to_name")] ################################################### ### code chunk number 23: interaction_partners_experimental ################################################### interaction_partners <- string_db$get_interaction_partners( c(tp53, atm), limit=5 ) interaction_partners_exp <- subset(interaction_partners, experimental > 0, select = c("from_name", "to_name", "experimental")) interaction_partners_exp ################################################### ### code chunk number 24: paralogs ################################################### # Get all homologs of TP53 in human. string_db$get_paralogs(tp53) ################################################### ### code chunk number 25: Closest homologs from other species ################################################### # get the best hits of TP53 in all STRING species tp53_besthits <- string_db$get_homologs_besthits(tp53) tp53_besthits_100 <- subset(tp53_besthits, bitscore > 100) nrow(tp53_besthits_100) head(tp53_besthits_100, n=10) ################################################### ### code chunk number 26: homologs_besthits in target species ################################################### # get the homologs of the following two proteins in the mouse (i.e. species_id=10090) string_db$get_homologs_besthits(c(tp53, atm), target_species_id=10090)