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### Running command:
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###   /home/biocbuild/bbs-3.23-bioc/R/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data LimROTS
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* checking for file ‘LimROTS/DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘LimROTS’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* installing the package (it is needed to build vignettes)
* creating vignettes ... ERROR
--- re-building ‘LimROTS.Rmd’ using rmarkdown

Quitting from LimROTS.Rmd:199-216 [unnamed-chunk-8]
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
<error/rlang_error>
Error in `apply()`:
! dim(X) must have a positive length
---
Backtrace:
    ▆
 1. └─LimROTS::LimROTS(...)
 2.   └─LimROTS:::calculateFalseDiscoveryRate(d, pD)
 3.     └─base::apply(...)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

Error: processing vignette 'LimROTS.Rmd' failed with diagnostics:
dim(X) must have a positive length
--- failed re-building ‘LimROTS.Rmd’

SUMMARY: processing the following file failed:
  ‘LimROTS.Rmd’

Error: Vignette re-building failed.
Execution halted