############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /home/biocbuild/bbs-3.22-bioc/R/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data --md5 FRASER ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘FRASER/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘FRASER’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * cleaning src * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘FRASER.Rnw’ using knitr Quitting from FRASER.Rnw:786-789 [manhattan_plot] ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ NULL ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error: processing vignette 'FRASER.Rnw' failed with diagnostics: The `facets` argument of `facet_grid()` was deprecated in ggplot2 2.2.0 and is now defunct. ℹ Please use the `rows` argument instead. --- failed re-building ‘FRASER.Rnw’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘FRASER.Rnw’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted