##############################################################################
##############################################################################
###
### Running command:
###
###   /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data DspikeIn
###
##############################################################################
##############################################################################


* checking for file ‘DspikeIn/DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘DspikeIn’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* installing the package to build vignettes
* creating vignettes ... ERROR
--- re-building ‘DspikeIn-with-TSE.Rmd’ using rmarkdown

Quitting from DspikeIn-with-TSE.Rmd:199-231 [unnamed-chunk-4]
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
<error/rlang_error>
Error in `adjust_hclust_tip.edge.len()`:
! could not find function "adjust_hclust_tip.edge.len"
---
Backtrace:
    ▆
 1. └─DspikeIn::plot_spikein_tree_diagnostic(...)
 2.   └─ggtree::ggtree(phyloseq::phy_tree(obj), layout = layout)
 3.     ├─base::suppressWarnings(...)
 4.     │ └─base::withCallingHandlers(...)
 5.     ├─ggplot2::ggplot(...)
 6.     └─ggplot2:::ggplot.default(...)
 7.       ├─ggplot2::fortify(data, ...)
 8.       └─ggtree:::fortify.phylo(data, ...)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

Error: processing vignette 'DspikeIn-with-TSE.Rmd' failed with diagnostics:
could not find function "adjust_hclust_tip.edge.len"
--- failed re-building ‘DspikeIn-with-TSE.Rmd’

SUMMARY: processing the following file failed:
  ‘DspikeIn-with-TSE.Rmd’

Error: Vignette re-building failed.
Execution halted