マニュアル
表記について | 文献登録方法 | ジャーナル登録 | PubMed検索 |
お気に入り機能 | その他の便利な機能 | PMIDありの文献 | PMIDなしの文献 |
管理者機能 |
登録(PMIDあり)
PDFのある文献 | PDFのない文献 | 一括登録 | データ消去 |
リストエクスポート | XML Download |
PDFのある文献

文献のPDFファイル名を[PMID.pdf]として保存し、アップロードすることで登録が出来ます。
- [参照]をクリックします。
- PMIDをファイル名としたPDFファイルを選択し、[開く]をクリックします。
- [submit]をクリックします。
- "File upload has done."と表示されたらアップロードは完了です。
- PubMedの文献情報が取得され、表示されます。
・"This PMID is already registered."と表示されます。
・同名のファイルがアップロードディレクトリに存在している場合は上書き保存されます。
PDFファイル名に該当するPMIDが無い場合
・"No items found. Uploaded File deleted."と表示されます。
・PDFファイルのコピー、および文献の登録は行われません。
PDFのない文献

PDFファイルがなくてもPMIDを使用して文献情報のみを登録することが出来ます。
- テキストボックスにPMID(半角数字のみ)を入力し、[submit]をクリックします。
- PubMedの文献情報が取得され、表示されます。
・"This PMID is already registered"と表示されます。
該当するPMIDが無い場合
・"No items found"と表示され、文献の登録は行われません。
ここで登録できるPMIDは1件ずつです。
複数のPMIDを指定した場合、応答が返ってこなくなりXOOPSの再起動が必要になります。
一括登録

PMIDの一覧をカンマ区切りのテキストファイルに保存すれば、一括で文献情報の登録を行えます。
下記の「リストエクスポート」で作成されるテキストファイルはこの形式になっています。
- [参照]をクリックします。
- PMIDの一覧ファイルを指定して、[開く]をクリックします。
- [submit]をクリックします。文献数が多いと時間がかかります。
- PMIDと文献タイトルが表示されたら、登録完了です。
- 登録できないIDが含まれていた場合は、IDの後ろに"id missing..."と表示されます。
リストエクスポート

登録されている文献のPMID一覧リストを作成出来ます。
このリストは上記の一括登録で使用できますので、別のマシンで同期をとる際などに利用可能です。
- PDFがあるデータ、PDFがないデータ、又は全てかを選択します。
- 自分が登録したデータのみを出力する場合は、「自分が登録したデータのみ」にチェックを入れます
- [download]ボタンをクリックすると、"data.txt"として一覧ファイルを取得出来ます。
XML Download

論文情報が登録される際に、PubMedサイトにあるXMLファイルも保存されています。
このXMLファイルを、アーカイブとしてダウンロードすることが可能です。
ここでダウンロードされるアーカイブは、PMIDありの論文のXMLファイルのみです。
- [download]をクリックして下さい。
データ消去

PMIDありの登録情報を削除することができます。
削除できるデータは、自分が登録したデータのみです。
- 文献情報を削除したいPMIDをテキストボックスに入力して、[submit]をクリックします。
- "PMID[number]has been deleted."と表示されれば、削除完了です。
・"You don't have the permission to delete this data."と表示され、削除は行われません。
・管理者権限でログインしている場合は、全てのデータが削除可能になります。
PDFファイルが登録されている文献の場合
・ファイル自体は削除されません。
・完全に消去したい場合は該当PDFファイルをアップロードディレクトリから削除して下さい。
登録(PMIDなし)
文献登録方法 | データ編集・消去 | XML Download |
文献登録方法
文献情報を個別に入力して、PubMedにはない文献を登録することもできます。
- 論文・文献のデータを個別に入力して登録する。
- 予め論文データを記載したXMLファイルをアップロードしておき、自動的に登録する。

"*"のついた項目は必須入力です。
- Title(必須):論文タイトルを入力します。
日本語など、他言語のタイトルは、次項の"in other language"に入力して下さい。 - Author(必須):著者名を入力します。
著者が複数の場合は、カンマで区切って入力してください。 - Journal/Book:ジャーナル名、文献名を選択します。
ジャーナルか本かをラジオボタンで選択し、リストからタイトルを選んで下さい。
不明な場合は"unknown journal(book)"を選択します。 - Volume:ジャーナル、又は本の巻数を入力します。
- Pages:ページを入力します。
範囲を示す場合は、開始ページと終了ページをハイフン(-)で括って下さい。 - Year:論文の発表年をリストから選択、あるいはテキストボックスに入力します。
- Abstract:論文のアブストラクトを入力します。
- Upload:論文のPDFファイルをアップロードする場合、[参照]をクリックし登録するPDFファイルを選択して[開く]をクリックします。
・予め登録されたリストから選択入力します(「ジャーナル登録」参照)。
・一旦"unknown"で登録した論文についても、ジャーナル登録後に登録情報を変更できます。
アップロードファイルについて
・XOOPSのディレクトリ内「modules/PubMedPDF/uploads/」にコピーされます。
PMIDのない文献の編集/削除

PMIDのない文献については、登録者のみ内容を編集・削除することができます。
- 登録内容の編集
- 論文情報の詳細を表示し、[remove/edit]をクリックします。
- 登録した内容が読み込まれますので、必要な箇所を修正します。
先に登録しておいた文献情報に、PDFファイルを追加でアップロードする際は、ここで"Upload"欄にPDFファイルを指定します。 - [submit]をクリックすると、新たな登録内容が表示され、内容が更新されます。

- 登録情報の削除
- 論文情報の詳細を表示し、[remove/edit]をクリックします。
- 登録内容が表示された下の欄にある[remove]をクリックします。
XML Download

PMIDのない論文情報も、登録情報がXMLファイルとして保存されています。
ここでダウンロードされるアーカイブは、PMIDのない論文のXMLファイルのみです。
管理者機能の自動登録で利用できます(「PMIDなしの文献の一括登録」参照)。
- [download]をクリックして下さい。
管理者機能(管理者権限でログインしているのみ利用可)
PMIDありの文献の一括登録 | PMIDなしの文献の一括登録 |
PMIDありの文献の一括登録

PDFファイルをアップロード用フォルダに事前にコピーしておき、これを一括して登録する。
- アップロードディレクトリに、PDFファイル(PMID.pdf)をコピーしておきます。
- 一括登録の[submit]をクリックします。
- アップロードディレクトリにある全てのPDFファイルの文献情報が登録されます。
・PDFファイルが登録されているPMIDを削除(「データ消去」参照)した場合、アップロードされたファイル自体は削除されません。 この一括登録を行うと、PDFファイルが残っている文献については、再度登録されます。
・アップロードディレクトリにあるPDFファイルの数によってはこの処理は数時間かかる場合があります。
PMIDなしの文献の一括登録

PMIDのない文献は登録されると同時に、その情報を元にXMLファイルが作成されています。
このため、予めXMLファイルを用意しておけば、そのファイルを使用して文献の登録を行うことができます。
- XOOPSの"modules/PubMedPDF/uploads_xml"に、文献情報のXMLファイルをコピーしておきます。
- 自動登録の[submit]をクリックします。
- XMLファイルから情報を取得し、PMIDのない文献として新規登録します。
・他のマシンと同期をとる。
(XMLファイルをダウンロード、これを他マシンのuploads_xmlに解凍、一括登録を実行する)