### R code from vignette source 'miRNAss.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: loadPackages
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library('miRNAss')


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### code chunk number 2: loadPackages (eval = FALSE)
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## miRNAss(features, labels)


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### code chunk number 3: setY
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y = as.numeric(celegans$CLASS)*2 - 1


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### code chunk number 4: sampleY
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y[sample(which(y > 0),200)] = 0
y[sample(which(y < 0),700)] = 0


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### code chunk number 5: removeLabels
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x = subset(celegans, select = -CLASS)


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### code chunk number 6: miRNAssCall
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p = miRNAss(x,y)


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### code chunk number 7: predictions
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is.miRNA = which(p > 0)


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### code chunk number 8: performance
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SE = mean(p[ celegans$CLASS & y == 0] > 0)
SP = mean(p[!celegans$CLASS & y == 0] < 0)
cat('Sensitivity: ', SE, '\nSpecificity: ', SP, '\n')


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### code chunk number 9: loadPackages
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help(miRNAss)


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### code chunk number 10: loadPackages (eval = FALSE)
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## setwd('miRNAss-experiments')
## source('2-delta_mirBase.R')


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### code chunk number 11: loadPackages (eval = FALSE)
###################################################
## source('plotResults.R')


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### code chunk number 12: sessionInfo
###################################################
toLatex(sessionInfo())