### R code from vignette source 'vignettes/MSstats/inst/doc/MSstats.Rnw'

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### code chunk number 1: preliminaries
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library(MSstats)


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### code chunk number 2: preliminaries (eval = FALSE)
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## ?MSstats


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### code chunk number 3: preliminaries (eval = FALSE)
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## ?RawData


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### code chunk number 4: MSstats.Rnw:384-385
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head(RawData)


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### code chunk number 5: MSstats.Rnw:410-411 (eval = FALSE)
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## ?dataProcess


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### code chunk number 6: MSstats.Rnw:416-417
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QuantData<-dataProcess(RawData)


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### code chunk number 7: MSstats.Rnw:422-423
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head(QuantData)


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### code chunk number 8: MSstats.Rnw:446-447 (eval = FALSE)
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## ?dataProcessPlots


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### code chunk number 9: QCplot (eval = FALSE)
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## dataProcessPlots(data=QuantData,type="QCPlot")


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### code chunk number 10: Profileplot (eval = FALSE)
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## dataProcessPlots(data=QuantData,type="ProfilePlot")


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### code chunk number 11: Conditionplot (eval = FALSE)
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## dataProcessPlots(data=QuantData,type="ConditionPlot")


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### code chunk number 12: MSstats.Rnw:536-537 (eval = FALSE)
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## ?groupComparison


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### code chunk number 13: MSstats.Rnw:547-548
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levels(QuantData$GROUP_ORIGINAL)


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### code chunk number 14: MSstats.Rnw:551-553
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comparison<-matrix(c(-1,0,0,0,0,0,1,0,0,0),nrow=1)
row.names(comparison)<-"T7-T1"


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### code chunk number 15: MSstats.Rnw:556-558
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testResultOneComparison<-groupComparison(contrast.matrix=comparison, data=QuantData)
testResultOneComparison$ComparisonResult


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### code chunk number 16: MSstats.Rnw:568-575
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comparison1<-matrix(c(-1,0,1,0,0,0,0,0,0,0),nrow=1)
comparison2<-matrix(c(-1,0,0,0,0,0,1,0,0,0),nrow=1)
comparison3<-matrix(c(-1,0,0,0,0,0,0,0,1,0),nrow=1)
comparison<-rbind(comparison1,comparison2, comparison3)
row.names(comparison)<-c("T3-T1","T7-T1","T9-T1")
testResultMultiComparisons<-groupComparison(contrast.matrix=comparison,data=QuantData)
testResultMultiComparisons$ComparisonResult 


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### code chunk number 17: MSstats.Rnw:593-594 (eval = FALSE)
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## ?modelBasedQCPlots


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### code chunk number 18: MSstats.Rnw:597-599 (eval = FALSE)
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## modelBasedQCPlots(data=testResultMultiComparisons$ModelQC, type="ResidualPlots", 
##                   which.Protein="PMG2", address=FALSE)


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### code chunk number 19: MSstats.Rnw:602-604 (eval = FALSE)
###################################################
## modelBasedQCPlots(data=testResultMultiComparisons$ModelQC,type="QQPlots",
##                   which.Protein="PMG2", address=FALSE)


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### code chunk number 20: MSstats.Rnw:631-632 (eval = FALSE)
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## ?groupComparisonPlots


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### code chunk number 21: MSstats.Rnw:650-651
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head(testResultMultiComparisons$ComparisonResult)


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### code chunk number 22: groupComparisoneplot1 (eval = FALSE)
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## groupComparisonPlots(data=testResultMultiComparisons$ComparisonResult,
##                      type="VolcanoPlot",which.Comparison=c("T7-T1"), address=FALSE)


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### code chunk number 23: groupComparisoneplot2 (eval = FALSE)
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## groupComparisonPlots(data=testResultMultiComparisons$ComparisonResult,
##                      type="VolcanoPlot",FCcutoff=70, ylimUp=100, 
##                      ProteinName=FALSE, which.Comparison=c("T7-T1"), address=FALSE)


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### code chunk number 24: groupComparisoneplot3 (eval = FALSE)
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## groupComparisonPlots(data=testResultMultiComparisons$ComparisonResult,
##                      type="Heatmap",address=FALSE)


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### code chunk number 25: groupComparisoneplot4 (eval = FALSE)
###################################################
## groupComparisonPlots(data=testResultMultiComparisons$ComparisonResult,
##                      type="Heatmap",FCcutoff=70,address=FALSE)


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### code chunk number 26: groupComparisoneplot5 (eval = FALSE)
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## groupComparisonPlots(data=testResultMultiComparisons$ComparisonResult,
##                      type="ComparisonPlot")


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### code chunk number 27: MSstats.Rnw:784-785 (eval = FALSE)
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## ?designSampleSize


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### code chunk number 28: MSstats.Rnw:794-796
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designSampleSize(data=QuantData,numSample=TRUE,numPep=3,numTran=4,power=0.8,
                 desiredFC=c(1.25,1.75),FDR=0.05)


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### code chunk number 29: MSstats.Rnw:802-804
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designSampleSize(data=QuantData,numSample=2,numPep=3,numTran=4,power=TRUE,
                 desiredFC=c(1.25,1.75),FDR=0.05)


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### code chunk number 30: MSstats.Rnw:817-818 (eval = FALSE)
###################################################
## ?designSampleSizePlots


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### code chunk number 31: MSstats.Rnw:822-826 (eval = FALSE)
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## # Minimal number of biological replicates per condition
## result.sample<-designSampleSize(data=QuantData,numSample=TRUE,numPep=3,numTran=4,power=0.8,
##                                 desiredFC=c(1.25,1.75),FDR=0.05)
## designSampleSizePlots(data=result.sample)


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### code chunk number 32: MSstats.Rnw:836-840 (eval = FALSE)
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## # Power
## result.power<-designSampleSize(data=QuantData,numSample=2,numPep=3,numTran=4,power=TRUE,
##                                desiredFC=c(1.25,1.75),FDR=0.05)
## designSampleSizePlots(data=result.power)


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### code chunk number 33: MSstats.Rnw:864-865 (eval = FALSE)
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## ?quantification


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### code chunk number 34: MSstats.Rnw:872-875
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#  (1): Sample quantification
subQuant<-quantification(QuantData)
head(subQuant)


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### code chunk number 35: MSstats.Rnw:878-881
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# (2): Group quantification
groupQuant<-quantification(QuantData, type="Group")
head(groupQuant)