################################################### ### chunk number 1: data ################################################### library(codelink) data(codelink.example) codelink.example ################################################### ### chunk number 2: plotMA ################################################### plotMA(codelink.example) ################################################### ### chunk number 3: plotDensity ################################################### plotDensities(codelink.example) ################################################### ### chunk number 4: createWeights ################################################### w <- createWeights(codelink.example, type = list(FIDUCIAL = 0.01, NEGATIVE = 0.1)) w[1:10,]